La Hermadad se distinguió desde su origen por el fervor, disciplina y entusiasmo de sus componentes, perteneciendo los mismos generalmente a grupos de humilde condición social, entre los que se encontraba el gremio de maderistas y carpinteros. Consecuencia de su recto proceder son las tres Bulas Pontificias concedidas en 1714 (ver libro de actas).
En 1723 y previa autorización del Sr. Provisor de la Diócesis, se une con otra de la misma advocación, existente en el Convento de la Merced (ver libro de actas).
Un total de sesenta y seis individuos de ambos sexos componen la cofradía, con el fin primordial de la devoción a su Santo Titular, lo que efectúan con la máxima solemnidad (en 1743, en la función religiosa, se emplean en el ornamento del altar hasta sesenta velas de cera labrada).
Al igual que las existentes en estas fechas en nuestra Ciudad, uno de los fines principales de su existencia, es la asistencia a los hermanos, tanto espiritual (misas de salud, asistencia a entierros, presididos estos por seis religiosos del Convento que eran acompañados por doce hermanos portando sus correspondientes velas) como material (son varias las ocasiones en que agota la totalidad de sus fondos y reservas en atender a sus miembros, víctimas de epidemias, plagas, conflictos bélicos, etc.).
En 1757 inicia el desfile el hermano que lleva la bandera, seguido de otro tocando el tambor, siendo portada la Sagrada Imagen por cuatro banceros, que se obligan por determinados periodos de tiempo, pagando por este derecho siete reales de vellón, como limosna cada año y aportando túnicas nuevas, que posteriormente quedan en poder de la cofradía. (ver libro de actas) A partir de 1773 se nombra a estos cuatro individuos por decreto y se comprometen a llevar a San Juan de por vida, y cuando fallece alguno los restantes han de buscar su sustituto. Como limosna pagan el sermón de la función y cambian de túnica cada diez años, quedando las viejas propiedad (ver libro de actas). de la hermandad
Conserva la cofradía sus bienes en arca de tres llaves en poder del hermano mayor, del diputado más antiguo y del secretario, siendo necesaria la concurrencia de los tres para su apertura (ver libro de actas).
Únicamente tienen derecho a voz y voto en las juntas los hermanos mayores, cargo al que también pueden optar las mujeres (ver libro de actas), y al que se accede tras llevar varios años perteneciendo a la cofradía, demostrando durante ellos una vida austera y religiosa, así como el exacto cumplimiento de cuantas obligaciones se tienen como hermanos. En 1762 el hermano Benito Ruiz pasa a gozar del privilegio de ser hermano mayor, mediante la construcción de nuevas andas para el paso por las que, en concepto de ayuda para los materiales, se le abonan 75 reales de vellón (son las primeras andas de las que nos llega detalle de su composición, debiendo destacar de la misma la existencia de cuatro angelitos en sus extremos, ver libro de actas).
Por encima de los mencionados hermanos mayores se encuentra el hermano mayor principal, que actúa de presidente de la hermandad, cargo elegido en junta general, en la que al elegido se le hacen saber las obligaciones contraídas al aceptar esta responsabilidad. De la rigurosidad con que se juzgaban estas obligaciones nos da idea la expulsión de uno de sus hermanos mayores por su inasistencia injustificada a la función religiosa en honor de su Titular (ver libro de actas)
El hermano mayor principal porta durante el desfile y en los actos públicos de la cofradía un cetro de plata de seis cañones y su pirámide con remates del mismo metal, sobre él la imagen de San Juan con su diadema estrellada y un águila de plata. Todo ello con un peso total de dos libras y dos onzas (este cetro desapareció como consecuencia de la invasión francesa).
