El 23 de abril de 1950, para la construcción de nuevas andas, se convoca concurso de bocetos, con premio de quinientas pesetas al ganador (ver libro de actas). Será definitivamente en 1952 cuando Marco Pérez presente la maqueta de las nuevas andas, que son aprobadas (ver libro de actas) con un costo total de 26.500 pesetas, siendo los Hnos. Pérez del Moral los encargados de llevar a la práctica el proyecto, con la excepción de la nube y los ángeles, que son realizados por Marco Pérez (son estrenadas un año después), y Jimeno Monrabal de su dorado; se dota al jefe de banceros de un nuevo cetro, que lleva colocado un timbre, para evitar que golpee en el banzo con el cetro y como consecuencia deteriore las andas (ver libro de actas) (siendo suprimido este timbre en 1958). En 1987 fueron restauradas y doradas por la firma Santarrufina de Madrid.
La capilla no se verá totalmente concluida hasta 1968: el altar obra igualmente de los Hnos. Pérez del Moral, con dorados de Jimeno Monrabal (ver libro de actas), completada con dos bajorrelieves de Marco Pérez ("San Juan ante portam latinam" y "El Apocalipsis") y dos pequeñas esculturas representando a Santiago el Mayor y a Santa María Salomé; el proyecto es obra también de Marco Pérez, tras desechar diversos proyectos, entre ellos el presentado en 1951 por el Sr. Álvaro, con un presupuesto de 17.000 pesetas, que inicialmente es aprobado, con pinturas en bóveda y paredes, y que posteriormente es desechado (ver libro de actas). Pasan a formar parte del nuevo altar las águilas que se incluyeron en la ampliación de las andas efectuada en 1944.
Se distingue la Hermandad en esta floreciente etapa de la Semana Santa conquense por su colaboración y esfuerzo en el engrandecimiento de la misma, dando gran vistosidad a sus desfiles, recibiendo año tras año del tribunal calificador el reconocimiento y satisfacción por el desfile, si bien dejando constancia de la imposibilidad de otorgarle ningún premio debido al "baile" del paso (ver libro de actas). Baile que le significará a la Cofradía no sólo la no consecución de premios, si no la imposición de sanciones económicas, por no cejar en esta peculiar forma de portar la Imagen, no encontrándose los componentes de la Cofradía dispuestos a abandonar esta práctica que la caracteriza y en la que, inclusive, debió pensar Marco Pérez al efectuar el proyecto de las andas, infiriéndoles mayor altura, con lo que se realza el movimiento de las vestiduras y de la palma. De lo arraigado de esta forma de caminar bajo las andas, tenemos buena muestra en el año 1952 en que directiva y la totalidad de los banceros son detenidos por la policía por la falta de respeto de bailar el paso a su entrada en El Salvador al son del Himno Nacional.
Ya en 1951 se pone en contacto con la Junta de Cofradías, quedando a su entera disposición, para llevar adelante el proyecto de nuevo desfile del Domingo de Ramos (ver libro de actas). Pese a que su intento, en principio, no es tenido en cuenta, se encarga la talla de María Santísima del Amparo, con destino al mencionado desfile (ver libro de actas).
Se convoca concurso entre Marco Pérez, Martínez Bueno y Royo Rabassa, para determinar qué proyecto es el ideal, remiten los participantes mascarillas de escayola junto con el correspondiente presupuesto. Son definitivamente los talleres Royo Rabassa de Valencia los encargados de esculpir la nueva talla, que llega a Cuenca el 9 de febrero de 1953, acordando la junta del 28 del mismo mes el cambio de nombre de la Cofradía y que todos los hermanos menores de doce años tendrán derecho al regalo de una palma para su participación en el desfile del Domingo de Ramos, recibiendo de la junta de Cofradías escrito en los siguientes términos: "Significo a Vd. Que esta Junta ve con satisfacción el noble estímulo que anima a esa Venerable Hermandad que, sin regatear esfuerzo ni sacrificio alguno, figura siempre en vanguardia destacada sobre las restantes y asegurándole que por nuestra parte encontrarán sus iniciativas la más entusiasta ayuda".
Comienza la Hermandad a desfilar con esta nueva talla en el Domingo de Ramos, haciéndose cargo de la organización del mismo, tras la reunión celebrada el 9 de marzo de 1955 con la de la Virgen de la Luz (ver libro de actas), evitando su desaparición y salvando la penosa situación económica en que se encontraba, se realizan nuevas andas para la talla de la Borriquilla (hasta fechas recientes hemos visto desfilar las mismas, con los atributos de San Juan en sus extremos). Problemas con la autoridad eclesiástica como consecuencia del nuevo ritual litúrgico que altera el recorrido del desfile, que parte desde la Catedral, dando la vuelta por el callejón de Santo Domingo, Melchor Cano, Solera, Peso y regreso a su origen, trayecto considerado por la Hermandad como muy corto, así como de difícil paso en algunos tramos, hace que se dirija a la Junta de Cofradías el 14 de febrero de 1956, haciéndose presente que si en este año se hace cargo del desfile, para sucesivos se pondrá a disposición de dicha Junta el paso de La Borriquilla para que la misma determine sobre lo que más convenga (ver libro de actas). En 1957 ya no participa en este desfile la talla de la Virgen del Amparo (esta talla se encuentra expuesta al culto en una hornacina en la Capilla de San Juan, tras las dificultades y negativas para su exposición en el Convento de las Madres Concepcionistas de la Puerta de Valencia y en la iglesia de San Felipe), abandonando la Hermandad la organización del desfile pero encargándose hasta 1961 de cuanto representa atención al paso y dotación de banceros para el desfile (en fechas recientes y como recuerdo de estos años, en el desfile de Ramos participa el Hermano Mayor de la Hermandad de San Juan, portando para su bendición la palma procesional del Titular de esta Hermandad).
Igualmente, y con la misma talla, participa en el desfile del Domingo de Resurrección, completando el mismo hasta que en 1960 dona la talla junto con todos sus enseres a la Hermandad de Jesús Resucitado, siguiendo el acuerdo tomado en la junta general del 7 de abril de 1959.
Es constante en su historia reciente la preocupación por el deterioro progresivo que sufre el desfile en que participa, dirigiéndose en 1960 a la Junta de Cofradías proponiendo la realización conjunta de un tramo del recorrido de los desfiles "Camino del Calvario" y "En el Calvario". Igualmente son numerosas las quejas por la constante degradación existente en Las Turbas, llegándose en 1970 a comunicar a la Junta la decisión de la Cofradía de suspender su participación en el desfile de 1971 si no se conseguía detener el constante deterioro producido en el desfile, garantizando el comportamiento de las turbas y el número de sus componentes. Decisión que fue igualmente comunicada a la autoridad eclesiástica y que no se llevó a cabo pese a estar aprobada en Junta General (ver libro de actas).
En 1962 se convoca concurso para el bordado de nueva estola de la Imagen, presentándose seis proyectos y realizándose el de Dª Encarnación Román Checa, con un costo de sesenta mil pesetas.
En 1968 los antiguos faroles son adquiridos por la Hdad del Santísimo Cristo de la Agonía.
Una de las características de su desfile es el colorido impreso al mismo como consecuencia de su variada uniformidad:
Portaguión, estandartes y faroles túnica y capa granates.
Hermanos Mayores túnica morada con capa granate.
Banceros túnica granate.
Hermano de luz túnica morada.
Todos sus miembros con capuz, fajín y guantes verdes.
En 1986 participa en los actos conmemorativos de IV Centenario de los desfiles del Viernes Santo, con una exposición y una función religiosa conmemorativa del antiguo Cabildo de San Nicolás de Tolentino como actos centrales.
Un año después realiza solemne función religiosa bajo la presidencia del Excmo. Sr. Obispo, tras la que realiza acto de hermanamiento con el resto de cofradías de la provincia destinadas al culto del Santo Apóstol, participando en la mencionada función los hermanos mayores de todas ellas, parte de los cuales compartirán un año después la presidencia del desfile de la Cofradía en la madrugada del Viernes Santo. Edita como recuerdo de este acto folleto con la Historia de la Hermandad, sus Estatutos y una biografía de su Santo Titular.
En 1990 culmina una de sus viejas inquietudes al adquirir un local en la calle San Vicente, número 2, donde queda establecida la sede de la Cofradía, sirviendo a la vez de archivo y almacén de sus enseres.
Mantiene sus costumbres litúrgicas que, aparte de la Función Religiosa anual celebrada el 27 de diciembre de cada año (festividad de su Santo Titular), consisten en Misa de Difuntos los días 27 de cada mes del año y Misa de Acción de Gracias los días 6.
