Con motivo de la invasión francesa de 1808, nos encontramos con la primera ocasión en que la cofradía desaparece, reorganizándose inmediatamente en casa del hermano José Sibelo, sin fondos ni bienes, acordando los presentes que el que quiera continuar como hermano debe de pagar un real mensual (ver libro de actas)
La imagen, trasladada en este periodo bélico a la Parroquia de El Salvador, no es destruida, retornando al Convento de origen en el desfile procesional organizado el 24 de agosto de 1816 (ver libro de actas), para quedar definitivamente instalada en su actual parroquia en el año 1835, ocupando la capilla propiedad de D. Julián y D. Juan Ángel Tenorio, compartida con la Hermandad de María Santísima de la Soledad. Posteriormente, en 1876, pasa a compartir capilla con el Santísimo Cristo de la Luz, hasta que definitivamente, el 22 de julio de 1878, se traslada a la antigua capilla de San Vicente Mártir, previa autorización del Cura Propio de El Salvador, D. Bernardo Chacón, quien autoriza igualmente pase a denominarse Capilla de San Juan y que se corresponde con la que ocupa en la actualidad (ver libro de actas).
Como consecuencia de la epidemia de cólera que asola la Ciudad en 1855, la Hermandad queda diezmada, contando únicamente con cinco individuos, sin fondos ni bienes, que han sido empleados en socorrer a los afectados; sus supervivientes inician una nueva reorganización, estableciendo una cuota complementaria de diez reales por hermano (ver libro de actas) siendo necesarios tres años más para la renovación de sus Constituciones, en sustitución de las que habían sido aprobadas en 1846. El canónigo D. Lorenzo Martínez y Sanz (por encontrarse vacante la sede de la Diócesis) es el encargado, el 26 de abril de 1858, de aprobarlas (ver libro de actas).
Constan de seis artículos y son las primeras completas que conserva la Cofradía, suponiendo la mayor innovación sobre las anteriores el artículo referido a la admisión de nuevos hermanos: "Todo el que quiera entrar como hermano presentará un memorial y leído que sea, se pasará a votación de los individuos, saliendo agraciado con la mitad más uno de l número que se componga la junta, se admitirá pagando veinte reales y libra de cera de entrada".
Treinta y ocho miembros componen la Cofradía en estas fechas, siendo escogidos los banceros por sorteo (cuatro para subir a la Catedral y cuatro para el retorno), no pudiendo los agraciados volver a ejercer este derecho, hasta que no lo hayan hecho el resto de los componentes y aportando los agraciados a los bienes de la Hermandad cuatro reales cada uno. Cuatro años más tarde, la junta del 13 de abril de 1862, acuerda hacer esta selección por riguroso orden de lista (ver libro de actas). El 25 de marzo de 1877 se acuerda que: "que en lo sucesibo se llebe el Sto Paso en la forma siguiente = cuatro por su turno y los otros cuatro Banzos han de ser por subasta" (ver libro de actas) pero la junta, ante la protesta de numerosos hermanos decide en 1878 anular el acuerdo tomado el año anterior "y que sigan las costumbres de nuestros mayores" (ver libro de actas).
El 25 de enero de 1876 la Hermandad se dirige al Obispo de la Diócesis por mediación de su hermano mayor:
"Francisco Lucas Olmeda, natural y vecino de esta Ciudad, como hermano mayor de la de San Juan Apóstol Evangelista, sito en la parroquia de El Salvador de esta Capital y a nombre de la corporación a V.I. con el respeto debido hace presente: que con motivo de la invasión carlista de la localidad, ocurrida en julio de mil ochocientos setenta y cuatro, fue robada de la casa de Dª María López, camarera de dicha imagen, las ropas del expresado santo y sabiendo se halla la túnica en poder de D. Santiago Medrano, Coadjutor de Uriel, según manifestación hecha al beneficiado de esta Catedral D. Domingo Pal, de quien se V.I. puede informar como el citado D. Santiago Medrano se halla dispuesto hacer entrega de la expresada túnica y por tanto:
A V.I. suplica que teniendo por presentada esta instancia le sea admitida y previas las informaciones que estime oportunas, se sirva disponer le sea devuelta la túnica al exponente o hermandad quien por esta dará los resguardos que el repetido coadjutor exija y sean justos. Gracia que no duda alcanzar de la notoria bondad y justicia de V.I. cuya vida guarde Dios" .
Gracia que en esta ocasión obtiene la Cofradía, recuperando la desparecida túnica, no pudiendo conseguir igualmente el cetro del hermano mayor desaparecido y que según escrito del 6 de febrero de 1859, igualmente al Obispo de la Diócesis, la Hermandad supone en poder del Cabildo Sacramental de San Esteban, quien pese a la insistencia superior, se niega incluso a enseñarlo.
