La Venerable Hermandad de San Juan Apóstol Evangelista de Cuenca es una de las hermandades que tiene su inicio en el desaparecido Convento de San Agustín de Cuenca, fundado en 1586, desfilando durante años, probablemente a patir de 1616, encuadrada en el Cabildo de San Nicolás de Tolentino hasta su conversión en cofradía en 1702, año en que adquiere su propia personalidad, si bien permaneciendo bajo el patronazgo del mencionado Cabildo, principalmente en cuanto se refiere al desfile procesional.
Así se inicia el más antiguo documento que conserva la hermandad, libro de actas que se convierte en inapreciable guía para su estudio a lo largo de su vida.