Como hemos comentado al narrar la vida de San Juan, durante el reinado de Domiciano, San Juan fue desterrado a la isla de Patmos, donde recibió las revelaciones celestiales que escribió en su libro del Apocalipsis.
Después de la muerte de Domiciano, en el año 96, San Juan pudo regresar a Efeso, y fue entonces cuando escribió su Evangelio. Él mismo nos revela el objetivo que tenía presente al escribirlo: "Todas estas cosas las escribo para que podáis creer que Jesús es el Cristo, el Hijo de Dios y para que, al creer, tengáis la vida en Su nombre". Su Evangelio tiene un carácter enteramente distinto al de los otros tres y es una obra teológica tan sublime que, como dice Teodoreto, "está más allá del entendimiento humano el llegar a profundizarlo y comprenderlo enteramente".
Desde la Semana Santa de 2007, esta copia del Evangelio según San Juan desfila con la Hermanad las madrugadas del Viernes Santo.
También escribió el Apóstol tres epístolas: a la Primera Epístola se le llama Católica, ya que está dirigida a todos los otros cristianos, particularmente a los que él convirtió, a quienes insta a la pureza y santidad de vida y a la precaución contra las artimañas de los seductores. La Segunda Epístola y la Tercera Epístola son breves y están dirigidas a determinadas personas: una probablemente a la Iglesia local, y la otra a un tal Gayo, un comedido instructor de cristianos. A lo largo de todos sus escritos, impera el mismo inimitable espíritu de caridad.