En 1901 se establece definitivamente el actual sistema de subasta de banzos (ver libro de actas), combinada en distintos porcentajes con la elección por orden de lista. En el mismo año se lleva adelante el cambio de uniformidad, que hasta estas fechas consistía en túnica y capuz verdes, con banda verde con dos borlas amarilla y rosario. La túnica pasa a ser morada, sustituyéndose en 1916 cordones y rosario por el actual cinturón (ver libro de actas).
Un año después (1902) el Gobernador Civil de la Provincia, D. Fidel Guerrea, y el Obispo de la Diócesis, D. Wenceslao Sangüesa y Guía, dan el visto bueno a las nuevas constituciones que, en nombre de la Hermandad, habían presentado el secretario Juan Timot Cruz y los hermanos mayores Juan Celada, Isidoro Ferrer, Bernabé Aguilar, Víctor Soria y José Junoy.
Cuatro títulos, compuestos de veintiséis artículos, forman estos nuevos estatutos, que significan un profundo cambio en la Cofradía, imprimiéndole una nueva vida y creando todos los órganos rectores que perduran en la actualidad pues, aun cuando se forman nuevas constituciones en 1924 (con la autorización de D. Cruz Laplana) y en 1987 (aprobadas por D. José Guerra Campos), estos cambios afectan principalmente a las exigencias del Derecho Canónico y a las actualizaciones promovidas por la propia evolución de la sociedad, pero manteniendo como base las mencionadas de 1902.
Porta el guión de la Cofradía el hermano Bernabé Aguilar, quien lo hace de forma perpetua, con la cara descubierta, cubierta por una poblada barba blanca que le confiere imagen de venerable patriarca bíblico. Desde su puesto en el desfile, y al frente de la familia Pataco, es nombrado por D. José Cobo jefe de turbas, ejerciendo el control de ellas desde su habitual puesto al frente de la Hermandad, no participando jamás en el desfile como turbo, pero era tal el respeto que su erguida figura imprimía a sus componentes, que controlaba perfectamente a distancia su participación en el mismo. Producto de su elegancia portando el guión fue la negativa de la Cofradía a lo solicitado por su sobrino Antonio de suceder portando el guión a su tío, por considerar en aquellas fechas la Hermandad, no podría llevar adelante esta misión con la dignidad y elegancia que caracterizaron durante años a su antecesor; Antonio Aguilar, ante esta negativa, efectuó la misma solicitud a la Hermandad de la Soledad de San Agustín, demostrando cuan equivocados se encontraban quienes podían dudar de la personalidad que imprimiría a su puesto como porta guión.
Las Madres Concepcionistas son las encargadas del bordado de la túnica que en 1913 recibe la Imagen como regalo del matrimonio formado por Antero Nieto y Anselma Lledó, túnica que todavía en la actualidad luce la talla en los desfiles procesionales (ver libro de actas).
Por ser la hermandad de mejor gusto artístico y la más elegante, recibe del Excmo. Ayuntamiento el premio de 25 pesetas, establecido en 1916, complementado con otro de 50 pesetas por se la de mejor orden, compostura y piedad durante los desfiles de ese año (ver libro de actas).
La casa Francisco López de Madrid recibe el encargo de unas nuevas andas, que son estrenadas en 1931 (ver libro de actas), construidas en metal blanco plateado con atributos dorados en oro fino. Tienen ocho columnas y entre cada dos las efigies de los evangelistas, formando éstas un templete bajo el que se sitúa la Imagen, con unas dimensiones de 180 por 160 cm (ver libro de actas).
Tras la junta general del 1 de enero de 1936 un nuevo obligado silencio que será levantado el 21 de mayo de 1939, todavía se encuentra proclamado el estado de guerra, en el Convento de las Siervas de Jesús y bajo la presidencia del regente de la Parroquia D. Juan García Plaza de San Luis, con asistencia de once hermanos, con la única misión de recomponer la desaparecida Hermandad y retornarla a su antiguo esplendor.
Una nueva muestra del amor de sus componentes nos la da la junta celebrada el 25 de los mencionados mes y año, al hacerse público que durante los tres años de conflicto bélico algunos de sus componentes han escondido y conservado parte de los bienes de la Cofradía; se trata de los hermanos Aquilino Muñoz Rojo y Manuel Sáiz Abad, y de la camarera Esperanza López Castillo; gracias a ellos se conservan los Libros de Actas de 1702 y 1858, la túnica procesional de 1913, el manto verde confeccionado en el mismo año, el guión de entierros, un juego de candelabros y crucifijo (todavía hoy en su altar de El Salvador), una aureola de plata y dos cetros. En la misma junta, el depositario informa que con fecha 28 de septiembre de 1936, y en una visita efectuada a su domicilio, se vio obligado a entregar los fondos, que ascendían a un total de 883,40 pesetas; posteriormente, en 1937, le fueron requisados el resto de objetos de valor, propiedad de la Hermandad recibiendo a cambio un recibo cuyo timbre decía: "Ministerio de Hacienda, Dirección General de la Caja de Reparaciones" (ver libro de actas).
Se celebra junta general el día 12 de noviembre, en los salones de la Excma. Diputación Provincial, siendo el primer paso la confección de nuevas listas de hermanos, aprobándose nuevas constituciones (que no entrarán en vigor, al no ser presentadas para su aprobación a la autoridad eclesiástica), infiriéndose a la Cofradía más seriedad, retornándose inclusive a la obligatoriedad de asistencia a entierros, que había sido derogada en junta de 9 de abril de 1876 y sustituida por la entrega a la familia de 16 reales.
Tras varios contactos, se acepta el proyecto del escultor Tomás Marqués Amat, para nueva escultura, con la que se desfila en 1940, con andas prestadas por le Cabildo de la Catedral (ver libro de actas), pero que no acaba de gustar a los miembros de la Cofradía, por lo que el mismo Viernes Santo de 1940 se celebra junta general extraordinaria en los Salones de la Fraternal, cerrándose bajo llave con el compromiso de no abrirlos hasta que no se consiga la financiación para una nueva talla. Se acuerda la emisión de acciones reintegrables a suscribir por los hermanos, quedando en la misma reunión comprometidas acciones por un total de cinco mil cincuenta pesetas (ver libro de actas) (en el momento de su vencimiento sólo se reintegraron por importe de 1875 pesetas, quedando el resto como donativos a favor de la Cofradía). Comprometido este importe, se efectúa encargo al conquense Luis Marco Pérez, a quien únicamente se le condiciona en lo que se refiere a las dimensiones de la talla (debe de utilizar la túnica anteriormente mencionada y donada en 1913) con un precio el proyecto de cinco mil pesetas (ver libro de actas).
Queda constancia en el Libro de Actas de la Hermandad que la Procesión de Desagravio a la imagen de Jesús Nazareno de Sisante se celebró el Miércoles Santo de 1940 y no en 1939 (ver libro de actas), aclarando aún más si cabe este punto que ha creado cierta controversia en el estudio de la Semana Santa conquense.
Es normal en la Cofradía la utilización de diversos sistemas para su autofinanciación, para hacer frente a sus necesidades en los momentos más delicados, recurriendo para ello a los más variados sistemas:
En 1775 se establece el pago de sitios, consistentes en cuatro reales anuales por hermano; en 1853 la subasta de un mazapán donado por Pedro Gómez, en rifas de real (ver libro de actas); en 1876, para confeccionar una nueva túnica, se recaudan 2.341 reales como donativo de los hermanos y 621 mediante una función de teatro; en 1928, para la adquisición de una palma de plata, se vende la túnica adquirida en 1876 y, mediante donativos, se consiguen otras 250 pesetas (ver libro de actas); en 1944 se rifa una ampliación del santo en pintura y oro del dorador Jesús Díaz, para cuya rifa se venden seis mil papeletas (ver libro de actas); en 1947 se rifa un cordero mediante rifas de cincuenta céntimos, vendiéndose 2.164 participaciones (ver libro de actas).
En 1941 se recibe la talla de Marco Pérez, que justifica plenamente el sacrifico de financiación de sus componentes, realizada en talla completa (las anteriores llevaban peluca) con madera de sabina procedente de El Cerviñuelo, regalada por el Excmo. Ayuntamiento, complaciendo totalmente tanto a sus componentes como a su propio autor, quien la consideraba una de sus obras predilectas, siendo nombrado Hermano Mayor Honorario en este mismo año (ver libro de actas). De la aceptación que esta nueva talla tiene entre los hermanos nos da idea la subasta de banzos para su primer desfile, alcanzando unos de estos banzos el precio de 1.000 pesetas. La talla anterior es cedida al pueblo de Beteta en el precio de 600 pesetas.
Fruto de la ilusión y esfuerzo de sus componentes, es el inicio de un periodo de gran actividad, recibiendo un año después las marchas del compositor D. Nicolás Cabañas, "San Juan" y "La Palma de San Juan" (ver la sección Música), quien como gratificación recibe por su trabajo cien pesetas (ver libro de actas), convirtiéndose la primera de ellas en pieza indiscutible e indispensable para cuantas agrupaciones musicales acuden año tras años a nuestros desfiles. También el poeta Federico Muelas dedica a la Cofradía una de sus más conocidas poesías relacionadas con la Semana Santa.
Recibida la talla de Marco, se encargan nuevas andas al hermano Casimiro Pérez (ver libro de actas), quien cobrará por su trabajo cuando exista sobrante de fondos. En la Junta General de 1 de enero de 1941 (ver libro de actas) es presentado el boceto realizado por Marco Pérez, desfilando ese mismo año, y ya en 1944 son ampliadas por el escultor Sr. Cuartero, quedando compuestas por un trono con cuatro águilas, estilo barroco, cuatro faroles dorados y cuatro columnas y, en posición de sujetar los faroles, cuatro ángeles (ver libro de actas).
